Гидрогеносома - это закрытая мембраной органелла некоторых анаэробных цилиат, трихомонад, грибов и некоторых метазоа. Гидрогеносомы трихомонад (наиболее изученные) производят АТФ в результате сложного метаболического цикла. В отличие от митохондрий, в этом цикле не используется кислород. Считается, что гидрогеносомы произошли от митохондрий; их структура довольно похожа.
В 2010 году ученые сообщили об открытии первых известных анаэробных метазоанов с органеллами, похожими на гидрогеносомы. Это были организмы Loricifera, живущие в отложениях под глубоководными рассольными бассейнами, такими как бассейн L'Atalante. В этих рассольных бассейнах полностью отсутствует кислород (аноксический).
