Некодирующие последовательности ДНК - это те части ДНК организма, которые не кодируют белковые последовательности.

Некоторые некодирующие ДНК транскрибируются в функциональные некодирующие молекулы РНК (например, трансферная РНК, рибосомальная РНК и регуляторная РНК), в то время как другие не транскрибируются или вызывают транскрипты РНК неизвестной функции. Количество некодирующих ДНК сильно варьируется в зависимости от вида. Например, более 98% генома человека является некодирующей ДНК, в то время как только около 2% типичного генома бактерий является некодирующей ДНК.

Первоначально большая часть некодирующей ДНК не имела известной биологической функции. Она была известна как "мусорная ДНК", особенно в прессе. Однако в течение многих лет было известно, что многие некодирующие последовательности функционируют. К ним относятся гены функциональных молекул РНК и последовательностей ДНК, таких как сигналы "стартовой репликации", центромы и теломеры.

Другие некодирующие последовательности имеют вероятные, но еще не обнаруженные функции. Это вытекает из высокого уровня сходства последовательностей, наблюдаемого у различных видов ДНК.

В сентябре 2012 года в рамках проекта "Энциклопедия элементов ДНК" (ENCODE) было высказано предположение, что более 80% ДНК в геноме человека "служит какой-то цели, с биохимической точки зрения". Этот вывод подвергся резкой критике со стороны некоторых других ученых.