Плейотропия имеет значение для теории эволюции. Часто утверждается, что некоторые наследственные признаки животных не являются продуктом адаптации в результате естественного отбора. Во многом это может быть объяснено плейотропизмом. Сильный отбор на один или два аспекта функции гена автоматически приводит к появлению других плейотропных признаков. Эти другие признаки, хотя и наследуются, могут быть нейтральными или даже слегка пагубными с точки зрения отбора.
Антагонистическая плейотропия относится к экспрессии гена, приводящей к нескольким конкурирующим эффектам, одни из которых полезны, а другие вредны для организма. Возможны три обстоятельства:
1. Одновременно ген может вызывать появление пагубных признаков, которые перевешиваются ценностью выживания положительных признаков.
2. Ген может повышать приспособленность в молодом, фертильном организме, но способствовать снижению приспособленности на более поздних этапах жизни. Репродуктивный вклад на молодых этапах жизни обеспечит распространение такого гена.
3. Ген может повышать приспособленность в одних местах обитания, но не в других. В этом случае его выживание в популяции уравновешивается. Примером может служить бактериальный ген, который усиливает использование глюкозы в ущерб способности использовать другие источники энергии (например, лактозу). Это имеет положительный эффект, когда глюкозы много, но может быть смертельным, если лактоза - единственный доступный источник пищи.