В 1606 году Смиты были наняты Виргинской компанией для заселения колонии Вирджиния с целью получения прибыли. Они отплыли на трех кораблях в декабре 1606 года. У Смита был слуга по имени Сэмюэл Коллиер. Сэмюэль Коллиер оставался рядом с ним большую часть пути.
Во время плавания возникли проблемы, и Смита обвинили в мятеже. Капитан Ньюпорт планировал казнить его. Капитан открыл письмо с приказами от Виргинской компании, в котором говорилось, что Смит должен был стать одним из лидеров новой колонии, поэтому Смита не убили.
Англичане прибыли в апреле 1607 года, и капитан Уингфилд выбрал Джеймстаун в качестве места для колонии. Летом поселенцы все еще жили во временных жилищах. После четырехмесячного путешествия по океану запасов продовольствия хватало только на то, чтобы каждый человек мог получить чашку или две зерновой муки в день. Из-за непогоды и недостатка пищи среди людей распространились болезни, и к сентябрю более половины умерло.
В декабре 1607 года Смит искал еду и был захвачен коренными американцами. Его отвели на встречу с вождем племени Поухатан. Деревня находилась примерно в 15 милях от Джеймстауна. Смит был освобожден без вреда для здоровья, и в этом была заслуга дочери вождя, Покахонтас, которая бросилась ему на шею. Увидев это, ее отец сжалился над Смитом, и он был благополучно доставлен обратно в Джеймстаун. Эта встреча положила начало дружеским отношениям между туземцами, Смитом и колонистами в Джеймстауне. В начале января 1608 года около 100 новых поселенцев прибыли с капитаном Ньюпортом, и по неосторожности деревня была подожжена. Той зимой река Джеймс замерзла, и поселенцы были вынуждены жить в развалинах. За это время Ньюпорт и его команда потратили много времени, загружая корабли железным пиритом (золотом дурака). Запасы продовольствия иссякли, и хотя коренные американцы принесли немного еды, Смит писал, что "больше половины из нас умерло".
В апреле 1608 года корабль привез припасы и 50 новых поселенцев, которым Смит поручил строительство жилья и посадку сельскохозяйственных культур.
Летом 1608 года Смит покинул Джеймстаун и отправился исследовать район Чесапикского залива в поисках крайне необходимого продовольствия. Он составил карту, которая будет иметь огромное значение для исследователей Вирджинии на протяжении более века. В свое отсутствие Смит оставил вместо себя губернатором своего друга Мэтью Скривенера. Скривенер позже утонул во время шторма во время злополучного плавания на остров Хог. В сентябре 1608 года Смит был избран президентом местного совета и ввел строгие правила.
В октябре 1608 года прибыл корабль с 70 новыми поселенцами, включая первых женщин. Также прибыли несколько немецких и польских ремесленников, но они не привезли с собой никаких запасов продовольствия. После этого Смит пытался получить продовольствие у коренных американцев, и для того, чтобы они подчинились, потребовались угрозы применения военной силы. Поухатан был напуган большим количеством белых людей, прибывших в этот район, и пытался уморить их голодом.
Смит обнаружил, что и среди поселенцев, и среди коренных американцев были те, кому не нравились его правила, и они планировали убить его. Смит писал, что его предупредила Покахонтас. Он созвал собрание и сказал мужчинам, которые не работали, что "кто не будет работать, тот не будет есть...". После этого ситуация улучшилась.
В течение трех месяцев в начале 1609 года, в феврале, марте и апреле, в Джеймстауне все было хорошо: было построено много домов, расчищены акры земли и сделано много другой работы. Затем в апреле крысы и сырость уничтожили все запасы кукурузы. Им очень нужна была еда, и Смит отправил большую группу поселенцев ловить рыбу, а других - собирать моллюсков вниз по реке. Они вернулись без еды и охотно приняли предложенный им скудный паек. Это возмутило Смита, и он приказал им обменять оружие и инструменты на фрукты у индейцев и приказал всем работать, иначе им придется покинуть безопасное место в форте. Некоторые ушли и отправились в деревни коренных американцев, но люди Поухатана также следовали закону Смита: кто не работает, тот не ест. Этот закон действовал до тех пор, пока они не погибли от голода и не вернулись домой.
В какой-то момент неожиданно прибыл корабль, капитаном которого был Сэмюэль Аргалл. У него была еда и вино, которые Смит купил, пообещав расплатиться. Аргалл также привез новости о том, что Виргинская компания отправляет в Джеймстаун новые припасы и поселенцев вместе с новым губернатором, лордом де ла Уорром.
Во время плавания в Виргинию в мае 1609 года сэр Томас Смит, казначей Виргинской компании, договорился, чтобы с ним отправились около 500 колонистов, включая женщин и детей. В плавание отправилась флотилия из девяти кораблей. Один из них затонул во время шторма вскоре после выхода из гавани. Корабль Sea Venture потерпел кораблекрушение на Бермудских островах с адмиралом и Стивеном Хопкинсом на борту. Год спустя, в мае 1610 года, они прибыли в Джеймстаун на небольших лодках, которые они сами сделали. Вскоре Гейтс обнаружил, что в колонии не хватает продовольствия, чтобы прокормить всех, и решил покинуть Джеймстаун. Когда их лодки покидали Джеймстаун, они встретили корабль с новым губернатором, лордом де ла Уорром, который приказал им вернуться в Джеймстаун.
В августе 1609 года Джон Смит был весьма удивлен прибытием более 300 новых поселенцев. Лондон отправлял новых поселенцев, не планируя, как и где они будут жить.
Капитан Джон Смит был тяжело ранен в результате случайного взрыва пороха в его каноэ. В октябре 1609 года Смит отплыл в Англию для лечения. Он провел два с половиной года, стараясь сделать все возможное для Джеймстауна. В Вирджинию он так и не вернулся. История подтвердила его огромный вклад в развитие Джеймстауна в самые ранние годы его существования.
Колонисты продолжали умирать от различных болезней и недугов, и в ту зиму из 500 человек в живых осталось примерно 150. Несмотря на это, Виргинская компания продолжала финансировать и перевозить поселенцев для поддержания Джеймстауна. В течение следующих пяти лет губернаторы Гейтс и сэр Томас Дейл продолжали поддерживать строгую дисциплину, а сэр Томас Смит в Лондоне пытался найти квалифицированных ремесленников и других поселенцев для отправки в Джеймстаун.
