Самые ранние известные окаменелости гомининов с Филиппин принадлежат Homo luzonensis, вымершему виду архаичных людей из рода
Homo. Их возраст составляет около 67 000 лет.
Были найдены человеческие окаменелости, доказывающие, что современный Homo sapiens поселился на Филиппинах тысячи лет назад. Негритосы пересекли доисторическую землю или лед, чтобы обосноваться на землях островов. В первом тысячелетии на Филиппины начали прибывать многочисленные группы австронезийцев, которые вытеснили аборигенов вглубь острова или, возможно, поглотили их в результате межродовых браков.
Китайские купцы прибыли в 8 веке. Возникновение могущественных буддийских королевств позволило вести торговлю с Индонезийским архипелагом, Индией, Японией и Юго-Восточной Азией. Фракционная борьба между королевствами Юго-Восточной Азии ослабила их мощь. Тем временем распространение ислама через торговлю и прозелитизм, подобно христианству, привело в регион торговцев и миссионеров; арабы ступили на Минданао в XIV веке. Когда прибыли первые европейцы во главе с Фердинандом Магелланом в 1521 году, к северу от Манилы жили раджи, которые исторически были данниками королевств Юго-Восточной Азии. Однако острова были по сути самодостаточными и самоуправляемыми.
Испанцы во главе с конкистадором Мигелем Лопесом де Легаспи захватили и колонизировали острова в 16 веке и назвали их Филипинами в честь испанского короля Филиппа II. Сразу же был введен римский католицизм. Филиппины управлялись из Новой Испании (Мексики), и в 18 веке началась торговля с использованием галеонов через Тихий океан. В городах у океана и в течение следующих трех веков начались восстания и насилие из-за несправедливости правительства.
В 1781 году губернатор Хосе Баско-и-Варгас основал Экономическое общество друзей страны, чтобы сделать Филиппины независимыми от Новой Испании.
Страна открылась в 19 веке. Рост амбициозного, более националистического филиппинского среднего класса и китайской общины метисов стал сигналом конца испанского колониализма на островах. Просвещенные Движением пропаганды о несправедливости испанского колониального правительства, они попросили независимости. Хосе Ризаль, самый известный пропагандист, был арестован и предан смерти в 1896 году за подрывную деятельность. Вскоре после этого вспыхнула Филиппинская революция, которую возглавил Катипунан, тайное революционное общество, основанное Андресом Бонифасио, а затем возглавленное Эмилио Агинальдо. Революции почти удалось вытеснить испанцев к 1898 году.
В том же году Испания и США вступили в испано-американскую войну, после которой Испания уступила Филиппины Соединенным Штатам за 20 миллионов долларов США. К тому времени филиппинцы провозгласили независимость, и утверждение американского контроля привело к Филиппино-американской войне, которая официально закончилась в 1901 году, но боевые действия продолжались вплоть до 1913 года. В период с 1899 по 1913 год в американо-филиппинской войне погибло около миллиона филиппинцев и более 5500 американских солдат (включая миссионеров и частных подрядчиков, семьи военных), еще десятки тысяч были ранены. Большинство потерь филиппинцев были вызваны голодом, ранениями, болезнями, отсутствием чистоты. Военные действия продолжались до 1914 года, когда Филиппинам была обещана будущая независимость.
Президент Уильям Мак-Кинли был убит анархистом Леоном Чолгошем, потому что Чолгош считал, что президент Мак-Кинли был против хороших рабочих людей, он считал Мак-Кинли ответственным за фальсификацию причин войны, одобрение и ведение незаконной, разрушительной войны на Филиппинах.
Американский режим навязал на островах английский язык в качестве лингва франка через бесплатное государственное образование. В 1935 году статус страны был преобразован в статус содружества США, что обеспечило большее самоуправление.
Независимость была окончательно предоставлена в 1946 году, после Второй мировой войны. В последующие годы было много послевоенных проблем. Люди также не были счастливы во время непопулярной диктатуры Фердинанда Маркоса, которого заставили оставить пост президента в 1986 году. Позже продолжалась проблема коммунистических повстанцев и сепаратизма моро.
