В течение этой эпохи климатические изменения были столь же серьезными, как и все в истории Земли. Начиная с глобального максимума температуры в начале эпохи, произошли три масштабных ледниковых периода, когда лед проник глубоко в тропики.
Снижение уровня метана
Существуют четкие указания на то, что в эту эпоху наблюдалось снижение содержания метана в атмосфере:
"Распад метана с ранее высоких уровней в архейской атмосфере, вероятно, играет большую роль не только в истории окисления, но и в возникновении палеопротерозойских ледниковых периодов. Данные указывают на то, что 2,4-2,3 миллиарда лет назад произошло "Великое событие окисления", во время которого поверхностная среда Земли изменилась глубоко и необратимо".
Накопление кислорода
Кислород вырабатывался цианобактериями, но он в основном расходовался химическими поглотителями. Это были неокисленные сера и железо. Примерно до 2,3 миллиарда лет назад кислород, вероятно, составлял лишь 1-2% от его нынешнего уровня. p323
Образования полосчатого железа, которые обеспечивают большую часть мировой железной руды, были сформированы кислородом, образующим соединения с железом; накопление большей части прекратилось после 1,9 миллиарда лет назад. Красные пласты, которые окрашены гематитом, указывают на увеличение атмосферного кислорода после 2 миллиардов лет назад; они не встречаются в более древних породах. p324
Ледниковые периоды
Было три крупных ледниковых периода, когда лед проникал глубоко в тропики. Несомненно, они произошли в результате снижения содержания парниковых газов в атмосфере и увеличения производства кислорода.
Между ранними палеопротерозойскими оледенениями 2400-2200 млн лет назад в Северной Америке, Южной Африке, Скандинавии и Австралии и неопротерозойскими оледенениями, затронувшими все континенты 800-600 млн лет назад, существует так называемый "загадочный интервал ~ 1400 млн лет без подтвержденного оледенения".
Удары метеоритов
В эту эпоху произошли крупные столкновения с болидами, два из которых вызвали крупнейшие на Земле ударные кратеры. Есть также три меньших (диаметром равным или более 30 километров) во временной зоне от 3,0 до 1,2 миллиарда лет назад.