Чешуйчатые

Скваматы представляют собой монофилетическую группу, которая является сестринской группой для туатар. Скваматы и туатары вместе являются сестринской группой для крокодилов и птиц - живых архозавров.

Впервые ископаемые останки сквоматов появляются в начале юрского периода, но митохондриальная филогения предполагает, что они развились в конце перми. Эволюционные взаимоотношения внутри отряда скваматов еще не до конца проработаны, причем наиболее проблематичными являются взаимоотношения змей с другими группами.

На основании морфологических данных считалось, что игуанидные ящерицы очень рано отделились от других отряда скваматов, однако последние молекулярные филогении, как на основе митохондриальной, так и ядерной ДНК, не подтверждают такого раннего расхождения. Поскольку у змей молекулярные часы идут быстрее, чем у других сквамат, а ископаемых ранних предков змей и змееящеров мало, трудно решить вопрос о взаимоотношениях между змеями и другими группами сквамат.

Последние исследования показывают, что эволюционное происхождение яда лежит глубоко в филогенезе сквоматов. 60% скваматов являются ядовитыми Toxicofera.

Яды семейств Caenophidia, Anguimorpha и Iguania эволюционировали один раз, затем три семейства разошлись. Все три рода имеют девять общих токсинов. Окаменелости показывают, что дивергенция между ангиморфами, игуанами и продвинутыми змеями произошла примерно 200 млн лет назад, в верхнем триасе/нижнем юрском периоде.

Змеиный яд появился в результате дублирования гена, кодирующего нормальный регуляторный или биоактивный белок. Затем копия была экспрессирована в ядовитой железе.

Различные токсины были набраны из разных белков и разнообразны, как и сами функции.

Естественный отбор привел к диверсификации токсинов, чтобы противостоять защитным силам жертвы. Гены ядов образуют большие мультигенные семейства и развиваются путем эволюции белков. Это приводит к диверсификации токсинов, которые позволяют сидящим в ожидании хищникам атаковать широкий спектр жертв.

Быстрая эволюция и диверсификация - это результат эволюционной гонки вооружений между хищником и жертвой, в которой каждый приспосабливается, чтобы противостоять другому.

Классически порядок делится на три подотряда:

• Lacertilia, ящерицы;
• Серпентес, змеи;
• Amphisbaenia, червеобразные ящерицы.

Из них ящерицы образуют парафилетическую группу. В более новых классификациях название Sauria используется для рептилий и птиц в целом, а Squamata подразделяется по-другому:

• Подотряд Iguania (игуаны и хамелеоны)
• Подотряд Scleroglossa
• Инфраордер Геккота (гекконы)
• инфраотряд Anguimorpha (мониторы, гильский монстр и медленные черви)
• Подотряд Scincomorpha (сцинки, ящерицы-хлыстовики и обыкновенные европейские ящерицы)
• Подотряд Serpentes (змеи)
• Отряд Alethinophidia (гадюки, удавы, кобры и т.д.)
• Отряд Scolecophidia (слепые змеи)
• Подотряд Amphisbaenia