Первые амниоты, такие как Casineria, были похожи на маленьких ящериц. Они появились около 340 миллионов лет назад, в миссисипском или нижнекаменноугольном периоде. Их яйца могли выживать вне воды. Это позволило амниотам переместиться в среду, где воды было меньше. Амниоты расселились по всей Земле. Большинство позвоночных животных, живущих на суше, являются амниотами, как и большинство морских животных, дышащих воздухом.
Очень рано в эволюционной истории амниот они разделились на две основные линии - синапсиды и зауропсиды, обе из которых сохранились до современной эпохи.
Самым древним известным ископаемым синапсидом является Protoclepsydrops около 320 миллионов лет назад, а самым древним известным зауропсидом, вероятно, является Paleothyris, из порядка Captorhinida, из среднепенсильванской эпохи (около 306-312 миллионов лет назад).
Яйца
Можно предположить, что предки амниот откладывали яйца во влажных местах, поскольку таким скромным по размерам животным не составило бы труда найти углубления под упавшими бревнами или другие подходящие места в древних лесах, а сухие условия, вероятно, не были основной причиной появления мягкой оболочки.
У рыб и амфибий существует только одна внутренняя мембрана, также называемая эмбриональной мембраной. У амниот внутренняя анатомия яйца эволюционировала дальше, и появились новые структуры, заботящиеся о газообмене между эмбрионом и атмосферой, а также о решении проблем с отходами. Чтобы вырастить более толстую и прочную оболочку, потребовались новые способы снабжения эмбриона кислородом, поскольку одной диффузии было недостаточно.
После того как яйцо развило эти структуры, дальнейшее совершенствование позволило амниотам откладывать гораздо более крупные яйца в гораздо более сухих местах обитания. Более крупные яйца давали более крупное потомство, а более крупные взрослые особи могли производить более крупные яйца, поэтому амниоты росли больше, чем их предки. Однако настоящий рост был невозможен, пока они не перестали полагаться на мелких беспозвоночных в качестве основного источника пищи и не начали питаться растениями или другими позвоночными, или не вернулись в воду. Новые привычки и более тяжелые тела означали дальнейшую эволюцию амниот, как в поведении, так и в анатомии.