В апреле 1861 года началась американская гражданская война. Карсон оставил работу индейского агента и вступил в Армию Союза. Его сделали лейтенантом. Он возглавил 1-ю добровольческую пехоту Нью-Мексико. Он обучал новых людей. В октябре 1861 года его сделали полковником. Добровольцы сражались с силами Конфедерации в Вальверде, штат Нью-Мексико, в феврале 1862 года. Конфедераты выиграли эту битву, но позже были разбиты.
Кампания против апачей
Как только Конфедераты были изгнаны из Нью-Мексико, командир Карсона майор Джеймс Генри Карлтон обратил свое внимание на коренных американцев. Историк Эдвин Сабин пишет, что у этого офицера была "психопатическая ненависть к апачам". Карлтон вел свои войска вглубь территории апачей Мескалеро. Мескалеро устали от борьбы и взяли себя под защиту Карсона. Карлтон поместил этих апачей в отдаленный и одинокий заповедник на востоке, на реке Пекос.
Карсону не нравились апачи. Он написал в докладе, что Jicarilla апачей "были действительно самыми деградированными и беспокойными индейцами, которые есть в нашем департаменте ... ...которые ежедневно наблюдают за ними в состоянии опьянения на нашей площади." Карсон от всего сердца поддержал планы Карлтона. Он был устал. Он получил травму за два года до того, как это доставило ему большие неприятности. Он ушел в отставку из армии в феврале 1863 года. Карлтон отказался принять отставку, потому что он хотел, чтобы Карсон возглавил кампанию против Навахо.
Кампания против Навахо
Карлтон выбрал безрадостное место на реке Пекос для своей резервации. Этот заповедник назывался Боск Редондо (Круглая роща). Он выбрал это место для Апачей и Навахоша, потому что оно находилось далеко от белых поселений. Он также хотел, чтобы эти апачи и Навахо действовали в качестве буфера для любых агрессивных действий, совершенных в отношении белых поселений от Киоваса и Команчи к востоку от Боске Редондо. Он также считал, что удаленность и запущенность резервации будут препятствовать поселению белых.
Апачи Мескалеро прошли 130 миль до резервации. К марту 1863 года четыреста апачей поселились в окрестностях Форта Самнер. Другие бежали на запад, чтобы присоединиться к беглым бандам Апачей. К середине лета многие из этих людей сажали урожай и выполняли другие сельскохозяйственные работы.
7 июля Карсон, с малым сердцем готовясь к облаве навахо, начал кампанию против племени. Его приказы были почти такими же, как и для облавы на апачей: он должен был расстрелять всех самцов на месте и взять в плен женщин и детей. Мирные договоры не должны были заключаться до тех пор, пока все навахо не окажутся в оговорке.
Карсон долго искал Навахо. Он нашел их дома, поля, животных и фруктовые сады, но навахо были специалистами по быстрому исчезновению и скрывались в их обширных землях. Обход был большим разочарованием для Карсона. Ему было за 50, он был уставшим и больным. К осени 1863 года Карсон начал сжигать дома и поля навахо и вывозить из них животных. Навахо будет голодать, если это разрушение продолжится. Сто восемьдесят восемь Навахо сдались. Они были отправлены в Боске Редондо. Жизнь в Боске стала мрачной. Произошли убийства. Апачи и Навахо сражались. Вода в Пекосе содержала минералы, от которых у людей возникали судороги и боли в животе. Жителям пришлось пройти около двенадцати миль, чтобы найти дрова.
Каньон де Шелли
Карсон хотел взять зимний перерыв от кампании. Майор Карлтон отказался. Кит получил приказ вторгнуться в Каньон де Челли. Именно здесь укрылись многие Навахо. Историк Дэвид Робертс пишет: "Прочесывание Карсоном Каньона де Шелли зимой 1863-1864 годов оказалось бы решающим шагом в кампании".
Каньон де Челли был священным местом для Навахо. Они верили, что теперь это будет их самое сильное святилище. Триста Навахо укрылись на ободке каньона в месте, называемом Крепостной Скалой. Они сопротивлялись вторжению Карсона, строя веревочные лестницы, мосты, опуская горшки с водой в ручей и держась подальше от посторонних глаз. Эти триста Навахо выжили во время вторжения. В январе 1864 года Карсон со своими силами пронесся через 35-мильный каньон. Он срубил тысячи персиковых деревьев в каньоне. Немногие Навахо были убиты или захвачены в плен. Вторжение Карсона, однако, доказало Навахо, что белый человек может вторгнуться в их страну в любое время. Многие Навахо сдались в Форт-Канби.
К марту 1864 года в Форт-Канби было 3000 приютов. Еще 5000 прибыли в лагерь. Они страдали от сильного холода и голода. Карсон попросил припасы, чтобы накормить их и одеть. Тысячи навахо были привезены в Боске Редондо. Многие погибли по дороге. Отступники в тылу были расстреляны и убиты. В истории Навахо этот ужасный поход известен как "Длинный путь". К 1866 году, по сообщениям, Боске Редондо был полным провалом. Майор Карлтон был уволен. Конгресс начал расследование. В 1868 году был подписан договор, и навахо было разрешено вернуться на родину. Боске Редондо был закрыт.
Первая битва при Адобинских стенах
25 ноября 1864 года Карсон возглавил свои войска против юго-западных племен в Первой битве при Адобинских стенах в Техасской подворье. Адобинские стены были заброшенным торговым постом, взорванным его жителями, чтобы предотвратить захват враждебно настроенных индейцев Америки. Боевиками в Первой битве были армия США и массы апачей Киоваса, Команчей и Равнины. Это было одно из крупнейших сражений на Великих Равнинах. Комиссия Техасской государственной библиотеки и архивов пишет: "Результатом Адобинских стен стало сокрушительное духовное поражение индейцев". Это также побудило американских военных принять окончательные меры по сокрушению индейцев раз и навсегда". В течение года длительная война между белыми и индейцами в Техасе достигнет своего завершения".
Битва стала результатом убеждения генерала Карлтона в том, что индейцы несут ответственность за непрекращающиеся нападения на белых поселенцев по тропе Санта-Фе. Он хотел наказать этих воров и убийц и привел Карсона для выполнения этой работы. Поскольку во время гражданской войны в США большая часть армии была задействована в других местах, защита, которую искали поселенцы, практически отсутствовала. Они умоляли о помощи. Карсон возглавил 260 кавалеристов, 75 пехотинцев и 72 разведчика армии Уте и Джикариллы Апачи. Кроме того, у него было две горные гаубицы.
Утром 25 ноября Карсон обнаружил и напал на деревню Киова с 176 домиками. После разрушения он переехал в Адобинские стены. Карсон нашел другие деревни Команче в этом районе и понял, что ему придется столкнуться с очень большой силой коренных американцев. Капитан Петтис подсчитал, что от 1200 до 1400 Команче и Киоова начали собираться. Их число увеличилось до 3000. Четыре-пять часов битвы последовали. Когда у Карсона кончились боеприпасы и гаубичные снаряды, он приказал своим людям отступить в близлежащую деревню Киова. Там они сожгли деревню и множество прекрасных мантий бизонов. Его индейские разведчики убили и изуродовали четырех стариков и слабых Киова. Затем началось отступление в Нью-Мексико. Среди людей Карсона было мало смертей. Генерал Карлтон написал Карсону: "Этот блестящий роман добавляет еще один зеленый лист к лавровому венку, который вы так благородно завоевали на службе своей стране". Битва рассматривается некоторыми как лучший момент Карсона, и считается одним из факторов, которые заставили Киова и Команчи подать иск о мире в 1865 году.
"Бросьте несколько снарядов вон в ту толпу."
Кит Карсон - артиллерийскому офицеру лейтенанту Петтису.
Некоторые из тех, кто изучал битву, считают, что Карсон был прав, приказывая своим войскам отступить. Сообщается, что только один скальп Команча был взят солдатами Карсона. Первая битва при Adobe Walls была бы последней, когда Команче и Киова заставили американские войска отступить из битвы. Адобинские стены ознаменовали начало конца равнинных племен и их образа жизни.
Десятью годами позже, 27 июня 1874 года, была проведена Вторая битва при Adobe Walls, между 250 и 700 Команче и группой из 28 охотников, защищавших Adobe Walls. После четырехдневной осады сотни американских индейцев отступили. Второе сражение привело к войне на Красной реке 1874-1875 годов, войне, в результате которой индейцы с южных равнин были окончательно переселены в резервации в Оклахоме.