Джордж Вашингтон Парк Кустис был внуком Марты Вашингтон и рос вместе с Мартой и Джорджем Вашингтоном. В 1802 году он получил землю, которая сейчас является Арлингтонским национальным кладбищем. Он начал строить Арлингтон-Хаус, где жил со своей женой Мэри Ли Фитцхью Кустис. Земля и дом были отданы их единственному ребенку, который дожил до взрослого, Мэри Анна Кустис Ли. Она была замужем за Робертом Э. Ли, выпускником Вест-Пойнта и офицером армии США. Когда Форт Самтер был вынужден сдаться в начале Гражданской войны в Америке, президент Авраам Линкольн попросил Ли стать генералом федеральной армии. Ли не дал ответа сразу, но ждал, когда его родной штат Вирджиния покинет Союз.
Ли покинул федеральную армию, когда Вирджиния сказала, что покидает Соединенные Штаты. Он решил, что не может сражаться против своего родного штата. Он стал лидером вооруженных сил Содружества Вирджинии. Затем он стал командующим армией Северной Вирджинии. Ли был великим полководцем и выиграл несколько сражений против сил Союза. Большинство офицеров Союза считали, что Ли нарушил свои обещания Союзу, потому что он решил бороться против них. Часть Арлингтона была отнята у семьи Ли и стала кладбищем. В основном там похоронены мертвые члены Союза.
До Гражданской войны в Соединенных Штатах не было больших кладбищ только для военных. На кладбище Конгресса вместе с другими важными лидерами были похоронены важные генералы. Американские военные кладбища были необходимы на дальних рубежах, а также вблизи сражений и госпиталей, где погибло много солдат. Когда солдаты гражданской войны заполнили места захоронения недалеко от Вашингтона, генерал-квартермастер Монтгомери К. Майгс в 1864 году предложил отдать 200 акров (81 гектар) собственности семьи Роберта Э. Ли в Арлингтоне под кладбище.
Во время Гражданской войны люди изобретали трюки, чтобы захватить или усложнить жизнь американцам, которые воевали по ту сторону войны. Правительство взимало налоги с имущества и настаивало на том, чтобы владельцы лично явились, чтобы их заплатить. Если бы владелец плантации не пришел, правительство продало бы землю. Правительство купило Арлингтон на налоговой распродаже в 1864 году за 26 800 долларов. Госпожа Ли не явилась лично, а послала агента заплатить 92,07 доллара в виде налогов на недвижимость, которые причитались за землю. Правительство отвергло ее агента, отказавшись принять налоговый платеж. В 1874 году Кустис Ли, наследник по завещанию дедушки, передал поместье в доверительное управление своей матери, подал в суд на Соединенные Штаты, претендуя на право собственности на Арлингтон. После того, как Верховный суд США вынес решение 5-4 в пользу Ли в деле Соединенные Штаты против Ли, постановив, что Арлингтон был взят незаконно, Конгресс вернул ему землю. В следующем году Кустис Ли продал ее правительству за 150 тысяч долларов. Квестис Ли и Роберт Тодд Линкольн, военный секретарь и сын президента Линкольна, присутствовали при официальной передаче собственности правительству.
В 2011 году в результате урагана "Ирэн" на кладбище было уничтожено шесть крупных деревьев. 220-летний "Дуб Арлингтон" упал рядом с могилой Джона Ф. Кеннеди.
